Mutagen to tajemnicza substancja znajdująca się w wodach oceanu wokół Voya Nui. Znalazł się tam przypadkiem, być może wskutek Wielkiego Kataklizmu. Sprawia on że ofiara otrzymuje cechy pozwalające jej przeżyć pod wodą, a w miarę czasu zmienia się w morskie zwierzę. Jest to bardzo długotrwały proces - np. Barraki są w Otchłani od 1000 lat, ale nie zmienili się całkowicie. Mutacja zaczyna się jednak od razu - Brutaka spędził tam kilka chwil i już mógł oddychać pod wodą. Woda, która wpłynęła na drobne zmiany u Piraka w podziemiach wulkanu Valmai, też zawierała mutagen. Jedynym znanym sposobem aby przezwyciężyć mutagen jest użycie Maski Życia, która przywróci dawną formę.
Ofiary Mutagenu:[]
- Piraka,
- Brutaka (częściowo),
- Karzahni,
- Matoranie z Mahri Nui (częściowo),
- Spinax,
- Gorast, Krika, Bitil,
- Lesovikk,
- Większość więźniów Otchłani.